Description du poste

Le centre du Microbiome du CHUM dirigé par les Drs. Bertrand Routy et Arielle Elkrief recherche un candidat postdoctoral ou niveau associé de recherche en bioinformatique et oncologie computationnelle afin d’analyser des échantillons de microbiome séquencés par métagénomique. 

L’équipe dirige plusieurs études cliniques prospective (NCT04951583, NCT05303493 et NCT05805319) testant différentes stratégies, incluant la greffe fécale, les prébiotiques, les probiotiques et la diète, pour améliorer la composition du microbiome pour les personnes atteintes d'un cancer du poumon et d’un mélanome traité par immunothérapie. 

Le rôle spécifique du candidat sera d'effectuer des analyses computationnelles sur des échantillons provenant des différents essais cliniques pancanadien évaluant l’évolution du microbiome avant et après les différents traitements et au court du temps. De plus, elle/il devra encadrer des étudiants aux niveaux MSc et PhD en bioinformatique.

Responsabilités

Effectuer une analyse bioinformatique à l'aide de données de séquençage de métagénomique fécale et les données d'ARNr 16S (humain et murin).

• Comprendre l’évolution du microbiome au cours du temps avant et après un traitement provenant des différentes études clinique incluant greffe fécale, prébiotique, probiotique et diète.
• Analyser des données de métabolomique provenant de sérum, selles, tumeurs.
• Utiliser des algorithmes de prédiction afin de découvrir des biomarqueurs provenant des données de séquençage de selles.
• Représentation multi-omique pour intégrer des données de métagénomique, métabolomique et séquençage NGS des tumeurs. 
• Encadrer 2-4 étudiants de niveau maitrise à PhD afin de les aider dans leurs analyses de microbiome dans différents projets.

Qualifications

• Un doctorat ou M.D./Ph.D. en bioinformatique, en biologie computationnelle, en microbiologie ou dans un domaine connexe avec une expertise en analyse de microbiome
• Expérience des analyses de séquençage du microbiome, y compris le séquençage d'ARNr 16S et le séquençage métagénomique shotgun
• Maîtrise de R ou Python et des langages de programmation en ligne de commande

Ce que nous offrons

• Poste temps plein (35h/semaine)
• Flexibilité de l’horaire et télétravail possible
• Contrat de 12 mois, renouvelable
• Salaire compétitif 
• Début : dès que possible

Pour poser votre candidature

Les personnes intéressées doivent faire parvenir une lettre de motivation, un curriculum vitae, et le nom de trois personnes références à : 

arielle.elkrief.med@ssss.gouv.qc.ca

Il est « essentiel » de joindre votre CV pour que votre candidature soit considérée.

Nous remercions toutes les personnes qui poseront leur candidature, mais ne communiquerons qu'avec celles retenues pour un test ou une entrevue.

Le CRCHUM invite les femmes, les Autochtones, les minorités visibles, les minorités ethniques et les personnes ayant des limitations à soumettre leur candidature. Le CRCHUM adopte une définition large et inclusive de la diversité qui va au-delà des lois applicables.

Le CRCHUM encourage ainsi toutes les personnes, peu importe leurs caractéristiques, à poser leur candidature. Conformément aux exigences de l’immigration au Canada, veuillez noter que la priorité sera accordée aux citoyens canadiens et aux résidents permanents.