Description du poste

Au cours des dernières années, le laboratoire Turcotte a généré un jeu de données complexe incluant le séquençage de génome tumoral entier et de tissus normaux appareillés, de transcriptome tumoral, de séquençage des récepteurs des lymphocytes T, de séquençage de lymphocytes T infiltrant les tumeurs à l’échelle unicellulaire (single cell seq), da transcriptomique spatiale, d’immunofluorescence multiplexe, de cytométrie en flux multiparamétrique, ainsi que des images H&E numérisée à 40X à partir d’une vaste cohorte de patients opérés pour métastases hépatiques de cancer colorectal.

En parallèle, le laboratoire a caractérisé la reconnaissance de ces métastases par les lymphocytes T et l’évolution clinique des patients. Afin de mieux comprendre les facteurs favorisant ou inhibant la reconnaissance immunitaire, cet ensemble de données immunogénomiques et clinicopathologiques doit être analysés en profondeur et enrichi. L’objectif ultime est d’orienter le développement d’immunothérapies efficaces contre ce cancer fréquent et léthal. Pour renforcer ses capacités analytiques, le laboratoire collabore avec des experts en intelligence artificielle, exploitant des modèles d’apprentissage profond pour des analyses avancées.

Responsabilités  

Ce poste est axé sur la création de cadres computationnels de pointe pour la manipulation et l’analyse de données à grande échelle, avec un accent particulier sur le développement d’outils permettant de gérer la complexité des données unicellulaires et spatiales.

• Concevoir et implémenter de nouveaux outils et interfaces bioinformatiques, principalement en R, avec des extensions en Python, pour relever les défis de l’intégration des données multiomiques
• Développer et étendre tidyomics (Hutchison et al., 2024), un écosystème logiciel modulaire dédié à la manipulation et à l’analyse de données, afin de répondre aux besoins des ensembles de données complexes en recherche biomédicale
• Créer et optimiser des pipelines pour assurer l’harmonisation, l’évolutivité et l’efficacité computationnelle dans l’analyse des données cellulaires
• Intégrer des méthodes de pointe, y compris des approches en intelligence artificielle, pour compléter les outils bioinformatiques

Qualifications

• Doctorat en biologie computationnelle, bioinformatique, informatique ou un domaine étroitement lié
• Expérience démontrée dans l’analyse de données génomiques unicellulaires à grande échelle
• Maîtrise des langages de programmation couramment utilisés en biologie computationnelle et en science des données, notamment R (et idéalement Python), avec la capacité de gérer des tâches complexes d’analyse de données. Veuillez fournir des exemples accessibles au public
• Un solide dossier de recherche, attesté par des publications dans des revues à comité de lecture ou des présentations lors de conférences de premier plan, en particulier dans les domaines de la bioinformatique, de la biologie computationnelle ou de l’immunogénomique
• Maîtrise de l’anglais écris et oral

Ce que nous offrons

• Poste à temps complet, 35 heures par semaine
• Flexibilité de l’horaire et télétravail possible
• Contrat d’un an, renouvelable
• Station métro Champ-de-Mars reliée au CHUM par un tunnel
• Salaire compétitif selon les normes du CRCHUM
• Date de début : dès que possible

Pour poser votre candidature

Les personnes intéressées doivent faire parvenir une lettre de motivation et leur curriculum vitae à :
 mathieu.gigoux.chum@ssss.gouv.qc.ca

Nous remercions toutes les personnes qui poseront leur candidature, mais ne communiquerons qu'avec celles retenues pour un test ou une entrevue.

Le CRCHUM invite les femmes, les Autochtones, les minorités visibles, les minorités ethniques et les personnes ayant des limitations à soumettre leur candidature. Le CRCHUM adopte une définition large et inclusive de la diversité qui va au-delà des lois applicables.

Le CRCHUM encourage ainsi toutes les personnes, peu importe leurs caractéristiques, à poser leur candidature. Conformément aux exigences de l’immigration au Canada, veuillez noter que la priorité sera accordée aux citoyens canadiens et aux résidents permanents.