Description du poste

Le laboratoire du Dr Arielle Elkrief, co-directrice du Centre du microbiome du CHUM, est à la recherche d’un(e) biologiste computationnel(le) ou bioinformaticien(ne) talentueux(se) et autonome pour se joindre à notre équipe computationnelle en tant que stagiaire postdoctoral(e). Le ou la candidat(e) se concentrera sur l’établissement de solutions computationnelles pour analyser des données complexes et multimodales liées au microbiome.

Le ou la candidat(e) travaillera en étroite collaboration avec d’autres biologistes computationnels, scientifiques fondamentaux, étudiant(e)s et chercheur(e)s, y compris les membres du laboratoire du Dr Bertrand Routy, co-directeur du Centre du microbiome du CHUM.

Le laboratoire du Dr Elkrief fournira un soutien computationnel grâce à la présence d’un biologiste computationnel senior au sein de l’équipe. Le ou la candidat(e) sera responsable de concevoir une architecture de données pour exploiter et intégrer les ensembles de données internes sur le microbiome et l’oncologie, de traiter, de visualiser et d’interpréter les données dans le cadre de plusieurs projets.

Le laboratoire se concentre sur le développement de nouvelles thérapies basées sur le microbiome pour les personnes atteintes de cancer du poumon et de mélanome traitées par immunothérapie. Cela inclut l’étude du rôle de la transplantation fécale de microbiote, des probiotiques, des prébiotiques et de l’alimentation dans des essais cliniques prospectifs chez les patients, avec une attention particulière sur l’intégration d’approches multi-omiques translationnelles corrélatives à partir de biospécimens collectés chez les patients inclus dans ces essais.

Le rôle spécifique du ou de la candidat(e) sera de réaliser des analyses primaires de biologie computationnelle sur des échantillons provenant de multiples essais cliniques, avec un fort potentiel d’impact.

Responsabilités  

• Traitement brut, analyse et visualisation des données de métagénomique fécale et de 16s rRNA (humaines et murines)
• Représentation ‘transkingdom’ des données cliniques, alimentaires, métagénomiques, métabolomiques et immunologiques multi-omiques
• Organisation de l’infrastructure des données
• Mise en œuvre et respect des meilleures pratiques en matière de gestion et d’architecture des données

Qualifications

• Doctorat (Ph.D.) ou M.D./Ph.D. en bioinformatique, biologie computationnelle, informatique 
• Formation ou expérience dans le traitement des données de métagénomique, l’analyse statistique et la visualisation
• Maîtrise de R ou Python et des langages de programmation en ligne de commande
• Compétence dans l’utilisation des outils de calcul en cluster
• Expertise en gestion et architecture des données
• Excellentes capacités de résolution de problèmes et résilience dans un environnement rapide et dynamique
• Capacité à collaborer et à communiquer efficacement avec les membres de l’équipe et les parties prenantes externes
• Aptitude à gérer plusieurs tâches simultanément et à diriger des analyses pour plusieurs projets

Ce que nous offrons

• Poste temps plein (35h/semaine)
• Flexibilité de l’horaire et télétravail possible
• Contrat de 24 mois, renouvelable
• Salaire selon les normes du CRCHUM
• Début : dès que possible

Pour poser votre candidature

Les personnes intéressées doivent faire parvenir une lettre de motivation, un curriculum vitae, et le nom de trois personnes références à :
 arielle.elkrief.med@ssss.gouv.qc.ca

Il est « essentiel » de joindre votre CV pour que votre candidature soit considérée.

Nous remercions toutes les personnes qui poseront leur candidature, mais ne communiquerons qu'avec celles retenues pour un test ou une entrevue.

Le CRCHUM invite les femmes, les Autochtones, les minorités visibles, les minorités ethniques et les personnes ayant des limitations à soumettre leur candidature. Le CRCHUM adopte une définition large et inclusive de la diversité qui va au-delà des lois applicables.

Le CRCHUM encourage ainsi toutes les personnes, peu importe leurs caractéristiques, à poser leur candidature. Conformément aux exigences de l’immigration au Canada, veuillez noter que la priorité sera accordée aux citoyens canadiens et aux résidents permanents.