Description du poste    

Nous sommes à la recherche d'un bioinformaticien créatif qui souhaite acquérir de l'expérience dans un environnement à la fois universitaire et industriel. Vous avez la capacité de travailler en équipe et de façon autonome, et avez une grande expérience des données NGS et transcriptomiques. En tant que membre de l'équipe du projet GAPP récemment annoncé, vous travaillerez directement avec la Dre Petropoulos et avec Juniper Genomics dans le cadre de notre mission visant à améliorer les résultats de la FIV. Ce rôle peut être exercé en personne, de manière hybride, [ou entièrement à distance].

Le laboratoire Petropoulos fait partie d’un centre universitaire de haut niveau, à la fine pointe de la compréhension de la multi-omique du développement humain précoce et de la fertilité. Les travaux de Dre Petropoulos au CRCHUM et au Karolinska font appel à des techniques de biologie moléculaire de technologie avancée, notamment le séquençage génomique d'une seule cellule, la FISH de l'ARN d'une seule molécule, l'imagerie, le phénotypage, les modèles in vitro et in vivo, et la bioinformatique. Juniper Genomics est une start-up financée par une entreprise en phase de démarrage qui utilise la génomique et la science moderne des données pour améliorer les taux de réussite de la FIV et l'accès à celle-ci, réduisant ainsi le fardeau des tentatives de conception. Nous sommes une équipe d'opérateurs et de conseillers experts en génomique, en médecine, en éthique et en affaires ; et nous nous engageons à une science rigoureuse associée à une éthique réfléchie, à la gentillesse, à l'honnêteté et au respect des décisions éclairées des familles.

Responsabilités  

• Mettre en place et maintenir une tour Nextflow pour exécuter et suivre les travaux
• Établir le traitement, le contrôle de la qualité, le stockage et l'analyse des données moléculaires unicellulaires à haut débit
• Réaliser des expériences de flux de travail à cellule unique axées sur le transcriptome
• Concevoir et exécuter des expériences de données synthétiques pour caractériser les performances du pipeline.
• Travailler en étroite collaboration avec les membres de l'équipe pour établir et intégrer les systèmes ELN/LIMS à travers le CRCHUM, Juniper et les fournisseurs de services externes

Qualifications

•  Doctorat en bioinformatique, biologie, génétique, biochimie, biologie moléculaire/cellulaire, sciences pharmaceutiques ou médicales, ou maîtrise avec expérience professionnelle équivalente
• Expertise en matière de calcul à grande échelle, de traitement de données à haut débit, d'analyse de données biologiques (par exemple, ARN-seq, analyse CNV/SNV/SV et méthylation)
• Expérience de la programmation avec des langages de script tels que Python/R et Perl, des scripts Linux/Shell, des outils bioinformatiques standard (par exemple bcftools, suite GATK) ainsi que de la conception et de la mise en œuvre de bases de données relationnelles.
• Une expérience d'AWS est un plus
• La priorité sera donnée à ceux qui ont de bonnes connaissances en biologie et qui ont déjà participé à des activités/projets/publications de recherche
• Compétences organisationnelles impeccables, dynamisme et indépendance
• Excellent anglais parlé et écrit

Ce que nous offrons

• Poste à temps complet, 35 heures par semaine, de jour du lundi au vendredi
• Flexibilité de l’horaire 
• Entrée en fonction : dès que possible
• Durée : Le poste est d'une durée de un à deux ans
• Station métro Champ-de-Mars reliée au CHUM par un tunnel
• Salaire selon les normes du CRCHUM 
• Date de début : dès que possible

Pour poser votre candidature

Les personnes intéressées doivent faire parvenir leur curriculum vitae, leur relevé de note, une lettre de motivation ainsi que leurs références à :
 gappjobs@junipergenomics.com

Il est « essentiel » de joindre votre CV pour que votre candidature soit considérée.

Nous remercions toutes les personnes qui poseront leur candidature, mais ne communiquerons qu'avec celles retenues pour un test ou une entrevue.

Le CRCHUM invite les femmes, les Autochtones, les minorités visibles, les minorités ethniques et les personnes ayant des limitations à soumettre leur candidature. Le CRCHUM adopte une définition large et inclusive de la diversité qui va au-delà des lois applicables.

Le CRCHUM encourage ainsi toutes les personnes, peu importe leurs caractéristiques, à poser leur candidature. Conformément aux exigences de l’immigration au Canada, veuillez noter que la priorité sera accordée aux citoyens canadiens et aux résidents permanents.